Především jde o snížení nákladů zemědělců na výrobu bioproduktů a následně cen biopotravin, zajištění efektivity výroby, nalezení řešení, jak zmírnit fyzickou zátěž zemědělců a také rozšířit prodejní kanály a zlepšit distribuci spotřebitelům. Cílem Strategie zelených potravin, kterou japonská vláda představila v květnu letošního roku, je růst výměry půdy v ekologickém režimu do roku 2050 na 25 % (1 mil. ha).
Podíl zemědělské půdy využívané pro ekologické zemědělství v Japonsku v současné době představuje pouze 0,5 % zemědělské půdy. V minulosti byla v zemědělské politice státu nad ekologickými aspekty upřednostňována vyšší efektivita produkce z důvodu hornatého terénu a omezené výměry půdy vhodné pro zemědělství.
Obtíže přináší i japonské klima, které je v porovnání s Evropou a USA teplejší a vlhčí. Japonští zemědělci proto musí používat k prevenci proti chorobám a škůdcům větší množství chemických látek.
Podle průzkumu Ministerstva zemědělství je cenová hladina produktů organického zemědělství zhruba o 40–80 % vyšší než u těch konvenčních. Dle zástupce řetězce s biopotravinami Bio c’Bon Japon sice trh s ekopotravinami zaznamenal mírný nárůst zákazníků v posledních měsících, avšak aby se poptávka zvýšila výrazněji, ceny by musely být vyšší jen o 20–30 %. Problematické je také zajištění stabilních dodávek kvůli malému množství produkce a často neuspokojivému vzhledu prodávaných komodit.
I přes tyto překážky se způsob, jak farmáři i spotřebitelé pohlížejí na ekologické zemědělství, změnil. Mnoho zemědělců se nyní o tento druh hospodaření začalo zajímat s cílem na něj přejít.