Zdrojem dat o vývozu a dovozu do dubna 2004 jsou údaje celní statistiky. Vstupem České republiky do EU se změnil způsob vykazování údajů pro statistiku zahraničního obchodu i metodika jejího provádění a zpracování jejích výsledků. Ta nyní vzniká spojováním dat ze dvou systémů (Intrastat a Extrastat).
Prostřednictvím výkazů Intrastat jsou získávány přímo od firem (příjemců a odesílatelů zboží) ve vazbě na údaje o DPH data o obchodu se státy EU (přibližně 74 % obratu zahraničního obchodu). Zbývající část zahraničního obchodu, který je realizován především se třetími zeměmi, podléhá nadále klasickému celnímu řízení. Celní prohlášení jsou zdrojem statistických údajů za Extrastat. Součástí zpracování dat za Intrastat jsou i matematicko-statistické dopočty, kterými se kompenzuje ztráta informací v důsledku non-response a zavedení statistických prahů.
Zboží je členěno podle těchto klasifikací:
- Standard International Trade Classification, Revision 4 (SITC, rev. 4) v členění na úrovni tříd (jednomístnékódy) a na úrovni skupin (třímístné kódy).
- Harmonizovaný systém popisu a označování zboží v členění podle podkapitol (čtyřmístné kódy).
V teritoriálním členění (pro specifikaci zemí je použita tzv. Geonomenklatura):
- ve vývozu dle zemí určení zboží;
- v dovozu dle zemí původu zboží.
Jednotlivé země jsou zařazeny do oblastí podle stavu k 1. 1. 2010.