Dokumentace
Spis
Veškeré písemnosti, které se týkají práv a povinností daňového subjektu se zakládají do spisu vedeného správcem daně. Zahrnují se do něj vedle protokolů a úředních záznamů také veškerá písemně vyhotovená rozhodnutí a podání.
Spis je členěn na části dle jednotlivých daňových řízení: část vymáhání daní, část dalších povinností při správě daní, část o pořádkových pokutách a část vyhledávací.
Do vyhledávací části spisu by měl správce daně zahrnout písemnosti, které mohou být v řízení uplatněny jako důkazní prostředky, jestliže by jejich zpřístupnění ohrozilo cíl správy daní nebo účel nebo objektivnost úkonu, dále pak písemnosti, které mohou být použity při stanovení daně jako pomůcky, úřední záznamy a protokoly o podaných vysvětleních, nejsou-li použity jako pomůcky, a písemnosti sloužící výlučně pro potřeby správy daně.
Nahlížení do spisu
Daňový subjekt je oprávněn nahlížet do spisu u správce daně, a to do všech částí, které se týkají jeho práv a povinností, avšak s výjimkou vyhledávací části. Z vyhledávací části je subjekt oprávněn nahlédnout pouze do soupisu písemností, které vyhledávací část obsahuje. O nahlížení se zpravidla pořizuje protokol nebo úřední záznam.
Protokol
Protokol se sepisuje o ústních podáních či osobních jednáních správce daně s daňovým subjektem nebo třetími osobami. Daňový řád stanoví náležitosti, které musí protokol zejména obsahovat.
Součástí protokolu jsou rozhodnutí, která byla v rámci jednání vyhlášena, ale i veškerá vyjádření k věci, návrhy a výhrady vznesené v jeho průběhu, včetně stanovisek k nim. Protokol na konci jednání podepíší osoby, které se jednání účastnily, a úřední osoba. Po podpisu by měla úřední osoba daňovému subjektu předat stejnopis protokolu.
Úřední záznam
Úřední záznam je jakýmsi interním zápisem pořizovaným úřední osobou o důležitých úkonech, jež nejsou součástí protokolu. Příkladem takového úředního záznamu může být úřední záznam o telefonickém rozhovoru o omluvě daňového subjektu z ústního jednání z důvodu nemoci a nový termín, na kterém se dohodli.
Podání
Podání je právní jednání, které činí osoba zúčastněná na správě daní vůči správci daně. Je možné jej učinit písemně, ústně do protokolu či datovou zprávou (odeslanou z datové schránky, s uznávaným elektronickým podpisem či s ověřenou identitou podatele).
Daňové řízení je typické tím, že většinu podání lze podat jen na tiskopisech, které jsou zveřejňovány na oficiálním webu Finanční správy.
Podání se činí u příslušného správce daně, přičemž musí splňovat obecné náležitosti. Z jeho obsahu musí být patrné, kdo jej činí, v jaké věci, čeho se týká a co navrhuje. Dále musí být datováno a podepsáno.
Dokazování
Dokazování provádí vždy příslušný správce daně, který vždy dbá, aby všechny skutečnosti rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně byly zjištěny co nejúplněji. Ve fázi dokazování musí být kladen důraz na dodržování zásady materiální pravdy a zásady volného hodnocení důkazů.
Důkazy by primárně měla označit osoba zúčastněná na správě daní, hlavně daňový subjekt, již ve vlastním daňovém tvrzení, nicméně správce daně není návrhy daňového subjektu na dokazování vázán, a může tak rozhodnout o provedení dalších důkazů nad rámec návrhů.
Jako důkazních prostředků lze obecně užít všech podkladů, jimiž lze zjistit skutečný stav věci a ověřit skutečnosti, které jsou rozhodné pro správné zjištění a stanovení daně. Nesmí být ovšem získány v rozporu s právním předpisem. Daňový řád uvádí příkladem nejčastější typy důkazních prostředků, a to tvrzení daňového subjektu, listiny, znalecké posudky, svědecké výpovědi a ohledání věci.
Specifikem dokazování v daňovém řízení jsou tzv. pomůcky upravené v § 98 daňového řádu. Správce daně jich použije, jestliže daňový subjekt nesplní své povinnosti v dokazování a v důsledku toho nelze daň stanovit. Tehdy správce daně použije pomůcek a stanoví daň.
Příkladem bude situace, kdy daňový subjekt nepodá daňové přiznání a nespolupracuje. Nejčastěji používanými pomůckami jsou porovnání srovnatelných daňových subjektů a jejich daňových povinností a vlastní poznatky správce daně získané při správě daní.
V případě, že daň nelze stanovit ani dle pomůcek, které má správce daně k dispozici, správce daně s daňovým subjektem daň sjedná. Proti takovému rozhodnutí ale není možné uplatnit opravné prostředky.